疫苗的配制分裝。純化后疫苗可按要求進行配制灌裝，如果做成小針劑，一般為西林瓶形式，安瓿由于掉玻璃屑等原因已經瀕臨淘汰風淋門，作為生物制品，高溫封口也會造成不穩定因素。由于疫苗的穩定性比較差，為了長期保存而不降低效力，很多廠家都將疫苗制成凍干針。
防止交叉污染，嚴格分區，獨立空調，局部負壓。從疫苗生產全過程來看，可以分為，有毒區（滅活前）、無毒區（滅活后至配制前）、制劑區。一般應該配制獨立的空調系統，
在實驗室中疫苗的濃縮純化。滅活后的疫苗可以進行濃縮（也可不濃縮），然后為了消除接種后的不良反應，需要純化去除動物組織及培養基中的牛血清等。一般細胞培養的疫苗只需要通過樹脂柱分離純化即可，需要注意的是，如果分離時間較長，需要在-4℃的冷柜保護下分離純化。疫苗生產的所有中間需要貯藏的環節都需要設置-4℃的冷庫。
盡可能一個產品一個車間。如共用生產車間交替生產不同品種，必須進行有效清潔、消毒和驗證后，后一種制品生產用的菌種或毒種或生產用細胞才能進入車間。強毒細菌及病毒株與弱毒細菌及病毒株，決不允許混放在一起，亦不允許同時在同一實驗室內進行檢定實驗，更不允許在同一生產車間內進行強毒和弱毒的疫苗生產制備。各種滅活疫苗滅活后可與其他無菌生物制品交替使用同一灌裝間和灌裝、凍干設施。但在一種制品分裝后圣潔風淋室，必須進行有效的清潔和消毒，清潔消毒效果應定期驗證。
保護環境和操作者。尤其對于一些強毒的操作，一定要有安全措施，另外要防止毒的泄漏。污染物要有專門的通道，滅菌后排放。來自生物危險度二類以上的病原體的空氣應通過高效過濾器排放，濾器的性能應定期檢查。
實驗室中生物制品設計要點
由上面我們可以看出，作為設計者在進行生物制品的設計時，需要注意以下幾點：
對于實驗室等小規模生產的情況，也可以考慮無毒區和制劑區不完全分開。有毒區和無毒區污水排放要相互獨立。在考慮壓差時，首先滿足無毒區壓差高于有毒區，然后再考慮高潔凈級別壓差要高于低潔凈級別的原則。
嚴格動物使用及動物管理。動物房應為獨立封閉的建筑物，具有獨立的空氣凈化系統。應為進入動物房工作的員工提供特殊的工作服，具有更衣和淋浴設施風淋門。用于制備注射用活疫苗的動物細胞必須來自清潔級或清潔級以上動物；用于制備口服疫苗和滅活疫苗的動物細胞應來自封閉式房舍內飼養的健康動物；生物制品質量檢定用動物，除有特殊規定外，應是清、級或清潔級以上動物。了解相關法規及要求。
