1、臭氧對人體呼吸道粘膜有刺激，空氣中臭氧濃度達1mg/L時，即可嗅出，達2.5-5mg/L時，可引起脈搏加速、疲倦、頭痛，人若停留1小時以上，可發生肺氣腫，以致死亡。故消毒用臭氧消毒空氣，必須是在人不在的條件下，消毒后至少過30分鐘才能進入。
2、臭氧為強氧化劑，對多種物品有損壞，濃度越高對物品損壞越重，可使銅片出現綠色銹斑、橡膠老化，變色，彈性減低，以致變脆、斷裂，使織物漂白褪色等。
臭氧滅菌的效果 臭氧滅菌的速度和效果是無與倫比的,它的高氧化還原電位決定它對氧化、脫色、除味方面的廣泛應用，有人研究指出，臭氧溶解于水中，幾乎能夠殺水中一切對人體有害的物質，比如鐵、錳、鉻、硫酸鹽、酚、苯、氧化物等，還可分解有機物及滅藻等。
臭氧消毒滅菌方法與常規的滅菌方法相比具有以下特點：
(1)、高效性。臭氧消毒滅菌是以空氣為煤質，不需要其他任何輔助材料和添加劑。所體包容性好，滅菌徹底，同進還有很強的除霉、腥、臭等異味的功能。
(2)、高潔凈性。臭氧快速分解為氧的特征，是臭氧作為消毒滅菌的獨特優點。臭氧是利用空氣中的氧氣產生的，消毒過程中，多余的氧在30分鐘后又結合成氧分子，不存在任何殘留物，解決了消毒劑消毒方法產生的二次污染問題，同時省去了消毒結束后的再次清潔。
(3)方便性。臭氧滅菌器一般安裝在潔凈室或者空氣凈化系統中或滅菌室內(如臭氧滅菌柜，傳遞窗等)。根據調試驗證的滅菌濃度及時間，設置滅菌器的按時間開啟及運行時間，操作使用方便。
(4)、經濟性。通過臭氧消毒滅菌在諸多制藥行業及醫療衛生單位的使用及運行比較，臭氧消毒方法與其他方法相比具有很大的經濟效益及社會效益。在當今工業快速發展中，環保問題特別重要，而臭氧消毒卻避免了其他消毒方法產生的二次污染。
