在食品加工廠采用臭氧殺菌消毒的場所也很多，如臭氧對車間空氣消毒、對食品表面的滅菌作用、對食品包裝袋材料的消毒、對食品的保鮮作用、對食品原料中的細菌，病毒，有毒物質的分解等等。
在食品加工車間采用的是將臭氧直接釋放到空氣中的方法，使整個空間及該空間中物品的周圍充滿臭氧氣體，在臭氧強氧化作用下，達到消毒殺菌的目的。在加工車間使用臭氧的一個重要問題是確定開始供給殺菌的目的。在加工車間使用時加工車間內的細菌處于最低狀態。一般可供車間臭氧1-2小時，封閉分解1小時，，這樣即達到殺菌、消毒的效果，又使上班的工人嗅不到明顯的臭氧味。若因需要非得在有人的環境下進行消毒工序時，則應在車間的局部密封室內進行.
